顺治时期，清世祖顺治皇帝于公元1658年（顺治十五年）将内三院改为内阁，顺治十八年时又将那个重新改为内三院。到了公元1670年（康熙九年），清圣祖康熙皇帝宣布恢复内阁，设置大学士、协办大学士、学士、俱满、汉分授。清朝内阁虽与明朝内阁名字体制全部相近，但大体来讲权力的集中性还是要略微小于明朝内阁的，清王朝的内阁虽也位居百官之首，但总体权力来讲完全达不到明朝内阁的高度。究其原因就是因为清朝初期政治事务的决议主要来源于议政王大臣会议，意思就是满洲军贵大臣们聚在一起商讨决定国家大事，这种由军贵大臣们协同商讨决定国家大事的会议就被称为"国议"。
"国议"的存在让内阁手中的实权远远不及明朝时期那么强大，内阁在清朝初期只不过负责一般例行的票拟。清圣祖康熙皇帝成年亲政之后决定在皇宫内开设南书房，内阁之权力由此开始分给了南书房。公元1729年（雍正七年），清世宗雍正皇帝设立军需房，不久后宣布更名为军机处，清朝又一个重要的军事机宜机构就此诞生。
清高宗乾隆皇帝登基之后曾经几次易名军机处之名，后面设置了军机大臣和军机章京。
