公元1636年（明崇祯九年；后金天聪十年），皇太极再次下诏改文馆为内三院，内三院大致可以分为内国史院、内弘文院、内秘书院，并且正式设立了内三院大学士一职。为什么皇太极要将内馆更为内三院？究其原因还是清王朝在入关之后逐渐成为了八旗制度下的君主集权国家，原有的内馆很明显已经无法满足国家对于政治体系分工的需求，繁杂的事务需要更加明确分工的组织体系才可以胜任，正是在这样的特殊历史背景之下，内三院应运而生。
内三院
内国史院（后更名内翰林国史院）
内国史院又名内翰林国史院（顺治二年翰林院被并入内三院，内国史院遂更名为内翰林国史院）。内国史院系"记注汗起居诏令，收藏御制文字；凡汗用兵行政事宜编纂史书；撰拟矿志文；凡一切机密文移、官员升降文册及各官章奏编纂史书；追赠诸贝勒册文、六部所办事宜，可入册者，选择记载；功臣母妻告命、印文及异国邻邦往来书礼，俱编为史册。"大概意思就是记录皇帝的起居生活、帮助皇帝撰写诏书、编写史书、撰写庆贺表文、拟定功臣的诰命。
