土木堡一战明朝的军事力量受到严重的削弱，朝廷也开始放弃原有的卫所制度，开始采用募兵来召集新的军队。原本卫所军队表面名额还在，可实际上大部分的官兵都已经潜逃很久，一直都没有回来服役。
在《西园闻见录》中记载：正德十四年吏部尚书王琼上疏："天下都司卫所每岁差去勾军官旗不下一万六七千名，计所勾之军，百无一二到卫。有自洪武、永乐年间差出，到今三十余年，在外娶妻生子，住成家业，通同军户，窝藏不回。"
等到嘉靖年间，卫所制度彻底瓦解，嘉靖朝国内卫所的逃兵已经达到全国卫所总兵力的7成，各地卫所实际的军队人数已经没有多少，后来倭寇入侵，几十个人居然横扫东南三省没有遇到阻拦，地方的卫所官兵遇到倭寇就逃，根本没有什么战斗力。
北部的边军实力算是非常强的，可边军逃役同样严重，到后来地方的边防军已经不足一半。这就让朝廷不得不彻底放弃卫所，开始全面采用募兵，像后来的戚家军，俞家军，以及明末的关宁军队，这些都是地方募集的私家军。
