卫所内部的军户们常常受到长官的欺压，这些军户家里人要多了起来，他们就很难利用这点固定的土地去养家。因此明朝的很多卫所官兵，常常会出现逃役的情况，在边境的很多士兵，常常会偷偷到关外去和一些外族人去交易物品来补贴家用。
在洪武年间，国内卫所就已经开始出现大量的逃兵，到洪武三年十一月，逃兵数量已经达到了47986人。朝廷也想要采用一些法令约束逃兵，可效果并不是非常好，卫所官兵的战斗力下滑也非常快，在朱元璋去世之后，朱棣靠着几百人起兵，而朱允炆拥有百万官兵，却依旧输给了朱棣的军队。
朱棣夺取皇位之后，也看到卫所官兵的实力下滑太快，于是他特意在京城设置三大营，利用这个加强京城地区的军事力量，不过他没有对卫所制度进行什么改变，而到了明英宗时期，卫所制度已经处在崩溃的阶段。
