然而，野心勃勃的准噶尔汗国屡次侵犯西藏地区，一度想要从清政府手里夺取西藏，西藏一旦丢失，很不利于清朝的宗教统治，清政府地位就会受到威胁，而如果准噶尔汗国进一步控制了大漠南北部地区各部落的话，就会形成一个大一统的草原强国，要知道，元朝就是从一个草原强国发展而来的，清朝为了稳固统治，必须要把准噶尔汗国连根除掉。
再者，乾隆二十年的时候，清政府成功打败了准噶尔汗国，乾隆皇帝本不打算一统西域，原计划是让西域各部落相互牵制。然而事实是，厄鲁特蒙古部落的阿睦尔撒纳带领着各部叛变了，这一叛变，让清朝统治者清楚的认识到，只有收复西域，国家才可能得到安宁，清朝的统治地位才会稳固，于是便派重兵平定了叛乱，并将西域归到了清朝的统治地区。
