由于内阁大学士沈一贯上奏请册太子，万历皇帝最终册立皇长子常洛为太子，朱常洵被封为福王。万历三十一年，内阁大学士朱赓在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖，指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。此书在京中掀起轩然大波。万历皇帝要求朝中严查妖书的作者。由于事发突然，毫无线索可依，一时牵连甚众。沈一贯、沈鲤、郭正域等人成为当时的焦点。
妖书案风云再起，矛头不仅对准了郑贵妃，更把内阁置于了火力点下。朱赓本是个来凑数的，但他背后的首辅沈一贯却决不可小觑。此人和内阁中的另一位成员沈鲤关系极差，非常想把他挤出去，于是便借此机会大做文章。
突破点很快就找到了沈鲤的门生郭正域的头上，还顺便牵连了名僧紫柏大师和医生沈令誉。几人都遭到严刑拷打，甚至连沈医生的小女儿都被带到东厂去接受调查。而当太监陈矩问这个小女孩是否见过印刷妖书的排版的时候，小姑娘说："见过，有满满一屋子呢！"
终于，一位叫皦生光的秀才落网。他仗着有点文化，经常靠耍文字游戏勒索一些权贵，这其中就包括郑贵妃的弟弟郑国泰。然而在各种刑具的逼供之下，皦生光都拒绝承认自己是写的妖书，案件又陷入了死胡同。
其实不仅是皦生光本人，就连非常想搞事情的沈一贯都不相信这种对朝政如此清楚的文章是一个秀才写的。但是万历皇帝明显不想再折腾下去了，他下令迅速处死皦生光，匆匆了结"妖书案"。
