妖书案是晚明历史中的悬案，万历二十六年和三十一年分别发生过一次。第一次妖书案由于万历皇帝故意轻描淡写地处理，并未引起政坛的震动；而第二次妖书案牵连甚广，一度引起了晚明朝局的混乱。
追溯妖书案发生的原因
一般将其归咎于"国土之争"。万历皇帝的长子朱常洛的生母原本是一名宫女，因皇帝一时宠幸被封为恭妃，后诞下了皇长子。而被受万历皇帝宠爱的郑妃随后也生了一位皇子朱常洵。由于万历皇帝的皇后无子，因此在立储一事上，按照祖训，应立长子朱常洛为太子。但万历皇帝在郑妃的怂恿下，一度想立朱常洵为太子。大学士申时行等人唯恐皇帝破坏祖训，便上疏请册立东宫。万历皇帝一拖再拖，但遭到了大臣们的极力反对。因为当时太子又称之为"国本"，故又被称之为"国本之争"。
