除此之外，刑部还有着"凡军民、官吏及宗室、勋戚丽于法者，诘其辞，察其情伪，傅律例而比议其罪之轻重以请。诏狱必据爰书，不得逢迎上意。"的职责，同时"凡有殊旨、别敕、诏例、榜例，非经请议著为令甲者，不得引比。凡死刑者，即决及秋后决，并三覆奏。凡大祭止刑。凡赎罪，视罪之轻重，斩、绞、杂犯、徒末减者，听收赎。"
通俗来讲，刑部在明初三法司中权力较大，从抓押缉捕走到定罪可以独立完成。同时，刑部下辖十三个清吏司，均设正五品郎中一人、从五品员外郎一人、正六品主事二人，分别掌管十三省及兼管所分京府、直隶等衙门的刑名，从中央到地方总揽全国的刑罚之事。
而大理寺在明初则成为慎刑机关，刑罚方面的权力小了不少，大理寺负责"审谳平反刑狱之政令"，也就是主要管理对冤案、错案的驳正以及平反。
都察院则是与六部处于平级的关系，设有正二品左、右都御史各一人、正三品左右副都御史各一人、正四品左右佥都御史各一人，左都御史是都察院的最高长官。
都察院除了主持都察院事务，提督十三道监察御史（即分布于两京一十三省）外，主要职责就是作为"专纠劾百司，辨明冤枉，提督各道及一应不公不情等事"，为"天下耳目风纪词"的调查报告机构存在，同时，都察院对于明代的学术研究和上书陈言则有纠劾的责任。
