不过伊尹虽被列为贤臣标杆，但其某些做法在后世却引起了极大争议，其中影响最大的莫过于"放太甲于桐宫"，此举无论是真如《尚书》所述的"训于王"还是如《竹书纪年》所述的"自立"，皆难免为后世野心勃勃的权臣所效仿。汉朝大将军霍光即以此为例，废刘贺、立宣帝，被后人并称为"行伊霍之事"。
其它如"就汤就桀"的行为也饱受"为臣不忠，投机于夏商之间"的质疑。
对于伊尹的行为，毛泽东在其早期文稿中认为："其心实大公也。尹识力大，气势雄，故能抉破五六百年君臣之义，首倡革命。"
毛泽东的此句话在赞扬伊尹心怀天下的同时，显然也直白的表明伊尹的行事风格不同于传统的名臣贤相，而是摆脱了世俗的伦理框范，以非常之手段成就非常之事。
毛泽东的评价让本人想起了后世另一位著名的丞相，那就是"名为汉相，实为汉贼"的曹操。传统的诸葛亮式贤臣行事一般拘泥于道德礼法，明知君主昏庸仍"鞠躬尽瘁、死而后已"。而曹操不同，其虽然也心怀天下，但只忠于自己，君明则佐之，君昏则弃之。故《三国演义》中评价曹操为"治世之能臣、乱世之奸雄"。
