张居正虽说升职了，万历皇帝也十分信任重用他，"而大柄悉以委居正"，甚至连他的名字也不叫，尊称"张先生"，但张居正心里门儿清，一言一行都非常注意。《明实录》记载，万历皇帝登基不久就和张居正展开了一段对话，提到建文帝。
万历皇帝问张居正："听说当初建文帝逃走了，是真的吗？"这话翻译一下可以理解为"张先生，你说我祖宗有没有把建文帝杀了？"这个问题可不好回答，回答是，等于说万历皇帝这一支的皇位来路不正；回答不是，也等于说朱棣把建文帝给杀了，照样惹小皇帝不痛快。
但张居正是什么人？他谨慎地来了句："国史不载此事（建文帝下落），但先朝故老相传，言建文当靖难师入城即削发披缁，云游四方，无人能知者。"一句话就把事情推得干净，当初国史没有记载，所以我也只是道听途说讲给陛下听。
陛下你听听就算了，不用当真，你看，大家都说建文帝没死，所以您的先祖朱棣还是非常仁厚的。你就不要再好奇了吧，事情过去那么久，真相谁也不知道啊。果然，万历皇帝听完后没有再继续追问，这一页就此翻了过去，张居正的谨慎可见一斑。
