佛教和苯教的争端严重影响吐蕃政权的稳定。
苯教是西藏先民的原始信仰，而佛教则是松赞干布时期引入的新兴宗教。松赞干布试图通过扶持推广佛教来作为思想统治的工具，虽然当时苯教仍是主流，但是佛教的引入和迅速传播，使得吐蕃帝国始终无法摆脱苯教和佛教的冲突。这样的冲突不仅仅是意识形态和思想统治的混乱，而是多位赞普付出生命代价的流血冲突。比如吐蕃分裂前的最后两位赞普赤祖德赞和达玛，一个是因为崇佛被苯教徒暗杀，一个是因为灭佛被佛教徒暗杀。可以想象这是多么残酷和激烈的冲突。
权臣和外戚的争端导致吐蕃内乱不断。
吐蕃帝国从松赞干布建国以来，几乎没有停止过内乱。这些内乱往往由旧贵族、权臣、外戚和军事贵族等阶层和王室的矛盾或者互相之间的矛盾引发。而且这些内乱还往往和上面提到的宗教纷争结合在一起，从而更加血腥激烈。比如和唐玄宗争斗了半个世纪的赤徳祖赞就是被权臣弑杀、而他的孙子辈牟尼赞普和牟如赞普兄弟两个都是外戚权臣家族弑杀；吐蕃帝国的分裂瓦解也是达玛被弑杀后，他的两个儿子在两个外戚家族的支持下将吐蕃帝国一分为二，并展开长达几十年的夺位内战而导致的。
