值得一提的是，即便电子烟企业获批烟草专卖许可证，也将面临重税压力，烟草作为专营专卖品，其税率远高于普通消费品。根据华创证券2020年9月研报，在生产环节，卷烟厂将制成的卷烟调拨给烟草局，卷烟厂需缴纳150 元/箱的从量、56%（甲类卷烟）或36%（乙类卷烟）税率的从价消费税，再加上13%税率的增值税。而目前，电子烟基本上是按照一般商品进行征税，税率为13%。
华创证券2020年9月研报截图
4月20日，北京市控烟协会表示，协会已于日前正式提交反馈意见，对增加“电子烟等新型烟草制品参照本条例中关于卷烟的有关规定执行”的提议持反对态度，认为国家烟草专卖局本质上是在执行烟草总公司的企业职能，不适合作为电子烟的监管单位。
