公元1627年（明天启七年）春，在明与后金的战争已经进入到第十个年头的时候，明末农民起义的序幕才在陕北澄城县拉开。但在起义的最初两年，基本上就是处于饥民结队到处抢劫乡间富户的状态，既没有严密的组织，也没有像样的武器，别说威胁明朝统治，就连个县城都很难攻得下来。明朝官兵一到，基本上这些饥民就只有跑路的份。促成了明末农民起义队伍战斗力发生重大提升的，恰是后金。公元1629年（明崇祯二年），皇太极绕过宁锦防线，从古北口破边墙而入，史称"己巳之变"。明廷紧急下诏各地军队前来勤王。然而，由于被拖欠军饷，克扣军粮，各地勤王的军队中出现了不少哗变的士卒。这些正规明军的加入，让农民军的战斗力迅速提高。到了第二年春天，农民军就从陕北渡过黄河进入了山西，明末农民起义开始呈现蔓延的趋势。
不过，这个阶段的农民军也只敢围攻县城和一些小的州城，遇到明朝大规模军队的围剿，依然只能是望风而逃。如进士出身的洪承畴就在镇压造反者的战争中屡立功勋，升任延绥巡抚，他和他统率的秦军（陕西边军）成为了日后农民军最大的苦主。而农民军的另一大苦主卢象升也在这一阶段的战争中迅速崛起。他以大名府知府的身份，募集大名府当地的壮丁为军，对农民军作战屡屡获胜，李自成、张献忠都败在他的手里，他的威名几乎令农民军闻风丧胆，卢象升和他的"天雄军"（大名府唐代称天雄镇）从此威震中原，成为了明王朝的又一支劲旅。
这一时期的农民军，始终只能处于流动作战中，根本不敢与明朝的野战军对垒。虽然他们在崇祯八年取得了奇袭凤阳的胜利，在政治上给了明朝重大的打击，然而，在军事上他们却始终上处于下风。崇祯七年后，关外的皇太极因为忙着征讨察哈尔部林丹汗、征服朝鲜、消灭东江军，暂时放松了对明朝的军事压力，这就给了明朝以比较宽裕的力量来对付农民军，于是农民军的灾难就来临了。崇祯九年（1636年），闯王高迎祥被洪承畴打败，被俘后押送北京处死；张献忠、罗汝才屡遭失败，不得不分别在谷城和房县向明朝投降，接受了招抚；高杰、刘国能、王氏兄弟等农民军重要首领都相继向明朝投降；李自成则在率部跑路到四川后被川军在梓潼打得大败，"斩首数千，几歼之"，不得不继续流窜，一路经川西、青海、甘肃、宁夏跑回了陕西，结果在崇祯十一年（1638年）秋天又在潼关南原遭到洪承畴和孙传庭的围歼，"自成尽亡其卒，独与刘宗敏、田见秀等十八骑溃围，窜伏商、洛山中。"此时的李自成可谓是困难到了极点，"诸将困自成崤、函诸山中，断其要害，合围甚密，将坐毙之。"
