与北方相比，四川受到明末战乱波及相对较少，这是在1644年甲申之变以前。此时驻扎四川的明军较为稳定，劫掠现象也就较少，与土司关系还不错。
川东最大的两家土司：石柱和酉阳，在明朝素称忠义。川东的土司兵历来深受明朝倚重，每次大战都要征召，土司兵也不负众望，在战场上表现出色。在明末，四川白杆兵更是威名赫赫，在浑河与几千浙兵并肩作战，给努尔哈赤的八旗军造成重大杀伤，自己也全军覆没。
甲申之变后，情况变了，因为张献忠入蜀了。
张献忠入蜀，川东土司在秦良玉号召下出兵与其作战，但寡不敌众被击败，只得退保自己辖地。
张献忠在四川搞了一年多的恐怖统治，蜀地深受其害，人口锐减，众土司都视其为仇敌。
