这点历代统治者也不是不清楚，土司制度本来就是一个权衡的产物，他们在地方盘踞数百年根深蒂固，朝廷想要彻底消除这些力量，需要付出巨大努力，往往力有不逮。
从明初，朝廷就始终进行改土归流的工作，试图把权力收归中央，经过历代皇帝的努力，也取得了一些成效，思州、思南、蒙自、播州等地都归流成功，土司制度在当地被废除。
随着大明国力的衰弱，这项工作就无力完成了。
明清易代时，众土司以自保为主，在清初实力大增。三藩之乱之初，吴三桂进展顺利，不少土司响应吴三桂起兵，威胁到中央政府的权威。
康熙统治稳定后，在明朝基础上继续推进改土归流，直到雍正时期，才终于基本成功，而彻底废除土司制度，则要延续到近代。
