虽然孙恩此次败于刘裕之手,但他并不死心,退居海上以后又多次从海上卷土重来,但均被刘裕击败。公元402年,在刘裕的穷追猛打之下,走投无路的孙恩只好带领妻子、孩子跳海自尽。。公元403年晋朝朝中又发生桓玄政变,最终也是靠着刘裕才得以平息。
在多次战争中,刘裕均是表现出了不俗的军事才能,他不仅可以冲锋陷阵,武艺过人,而且极具谋略,指挥战斗时往往可以出其不意,以少胜多。
再之后,晋安帝复位,他命刘裕掌管晋朝军政大权,刘裕上位以后不仅扫除了南方各割据政权,还灭了北方南燕和后秦等政权,并收复河南、山东等地,刘裕兵锋所至,所向披靡。
公元420年,刘裕终于代晋自立,建立起南宋王朝,这个曾经饱受苦难的草根终成一代帝王。