为抵挡叛乱大军，晋廷连忙派卫将军谢琰和前将军刘牢之前往镇压。刘裕或因孙无终的举荐，转入前将军刘牢之的麾下，担任参军。
公元399年12月，刘牢之率大部队抵达吴地，并派刘裕带着几十个侦察兵前去查看敌军动向。不料，在侦查途中却遇到了敌军的主力部队，在双方实力悬殊巨大的情况下，刘裕也没有丝毫地退缩，他亲自率领几十名随从与叛军展开了决战。最后，他的部下全部战死，而当援军赶到时，只见刘裕一人满身是血，却仍然挥动着长枪与敌军数千人交战，并杀敌甚多。
后来，刘劳之的儿子刘敬宣带领大部队驰援刘裕，叛军见晋朝军队强大，纷纷溃逃，刘裕和刘敬宣乘势追击，孙恩没办法只好带领残兵败将逃到海上避祸。
