当时，燕王大军已进城。不过朱棣心知，自己这王位来的并不光彩。为了挡住天下悠悠众口，他决心从文人开始整顿，树立威信。首当其冲的，便是当时久负盛名的大贤方孝孺。道衍心知方孝孺刚直，曾劝过朱棣，入城后一定不要杀他，以免断绝天下的"读书种子。"
起初，朱棣对这事是答应的，便招来方孝孺起草登基公示。然而，这对一向忠于先帝的方孝孺来说，无疑是巨大的侮辱。他不停的哭泣并大骂朱棣的谋逆行径，说到激动处更是唾沫横飞。面对这样的举动，朱棣是越来越怒，便喝问道：难道你不怕我诛你九族么？哪想方孝孺竟大笑：就算你诛我九族又如何，我绝不会写。
闻听此言，朱棣难掩怒火，当下便命人将其车裂，并诛其十族，由于古代一向只有九族的说法，因此朱棣又特加一族，也就是师生、朋友。而此次共屠戮873人，据说，连杀七天，才将他十族俱灭。
