首先，南明时宗室太多，各个都想成领头人。南明有财有军队，只可惜派系太多，一直没有一个基本得到承认的继承人出现，总共存在这么些年却换了几任皇帝。所以内部斗争就消耗了南明的实力。相比之下，东晋和南宋都仅有一面鲜明的旗帜，可自弘光政权开始，南明小朝廷就一直没有什么太大的作为。
其次，南明政权党严重。党派之间的斗争在明朝末年实在是发展得极为恶劣了，甚至对人不对事，这就必定会影响朝政，没能出现一位真正的南明皇帝不得不说也与党争有关。朱由崧是南明的第一任皇帝，他在伦理次序上、地理上都占据有利地位，但是他有东林党人有着矛盾，当年他的父亲正是由于他们的反对才没能成为太子。所以他的南明皇位其实是通过政变得来的。矛盾重重的南明朝廷里，各自的党派党同伐异，完全没能团结一心。
再次，南明战略失误。南明小朝廷只想着偏安，很少做出进攻态势。如果在清军忙于北方时，南明能联合各路人马想北方进军，起码能在河南、山东一带有所收获，这才能拱卫江南，才是偏安之策。但南明没有听取那些有识之士的建议，他们眼睁睁看着清军清理了北方，不得不说南明的土崩瓦解也实在是咎由自取。
南明溃败的外部原因：
