正当魏忠贤寻机报复东林党人之时，工部郎中万燝上疏弹劾魏忠贤，说魏忠贤''盗窃大权，干政妄断，使朝廷内外只知有魏忠贤，而不知有皇上''。奏章入司礼监，魏忠贤大怒，立即矫诣令一群武宦官冲入万燝家中，将其揪住打一百廷杖，然后又把他拖到午门，一顿乱打。万燝被打得体无完肤，回家四天后就死了。
此事刚过不久，魏忠贤的心腹、巡按御史崔呈秀，在出使淮阳时贪赃狼籍，被左都御史高攀龙发现。高攀龙弹劾崔呈秀，并与吏部尚书赵南星商议，决定把崔呈秀贬职发配戍边。崔呈秀急忙跑到魏忠贤宅第求救。于是，魏忠贤与崔呈秀密谋一番，诬陷赵南星在选拔官吏过程中，结党营私，迫使赵南星以辞官之举以示自己的清白。而魏忠贤却假传诣谕，严斥赵南星，允许其辞官解职。高攀龙在赵南星被解职的第二天，也要求辞官，同样被魏忠贤矫诣允许。接着，魏忠贤又与其党徒，采用假传诣谕、罗织罪名等手段，将陈于廷、左光斗、杨涟、魏大中等数十人削除官职；又将韩爌和兵部侍郎李邦华逐出朝廷。然后，魏忠贤将自己的心腹之人委以重任。一时间，朝廷各部衙布满了魏忠贤的亲信走卒，形成了阉党势力。
天启五年五月间，魏忠贤利用汪文言一案，对东林首领杨涟、左光斗等人下毒手。许显纯在魏忠贤的指使下，对汪文言严刑拷打，逼其供认杨涟、左光斗、周朝瑞、魏大中、顾大章、袁化中六人受熊廷弼贿赂。随即将杨涟、左光斗六人下狱。杨涟等人在狱中受尽酷刑，顾大章受刑不过自杀身亡，其余五人惨死于刑杖之下。杨涟被土囊压身，铁钉贯耳。左光斗受炮烙之刑，膝下筋骨脱裂，死时已面额焦烂不可辨认。当时人称这六人为''六君子''。六人均被抄没家籍。杨涟的母亲和妻子无处栖身，只好住在城楼更夫避雨的小房里，两个儿子以乞讨养活祖母和母亲。十二月，魏忠贤以皇帝名义，颁布''东林党人榜''，列出三百零九名东林党人以及和东林党有关的各级官吏名单，诏示全国∶凡榜上有名者，生者削职为民；死者追夺官爵。
第二年，魏忠贤又制造了迫害当时人称''后七君子''的大冤狱。七君子为∶周起元、周顺昌、高攀龙、缪昌期、周宗建、李应升、黄尊素。高攀龙自知难逃魔掌，便在逮捕他时，投井自杀，而其子却被捕入狱。周起元等六人在狱中惨遭折磨，死时尸受都难以分辨。
魏忠贤不仅要把东林党人赶尽杀绝，而且还指使东厂特务四处侦探。特务们遍布各地，凡是不依附阉党的官吏，一概指为东林党。一时间，朝野上下阉党爪牙密布，各级官吏人人自危。
