公元75年，汉明帝去世，刘炟继位，是为汉章帝，而马氏也升格为皇太后。作为太后，马氏完全可以提拔自己的兄弟，甚至汉章帝主动要封自己舅舅为侯。但是马太后却说，作为皇帝，就是应该谨防外戚专权。前汉的灭亡不就是因为外戚王莽吗？
因此马太后在世之时，马氏一族竟没有一个人得到封侯之赏。对此连汉章帝也感到遗憾："在汉朝，舅舅封侯就像皇子封王一样理所应当，太后实在是太高风亮节了！"
公元79年，马太后去世，终年41岁，谥号明德皇后，与明帝合葬在显节陵。在马氏的辅佐下，明帝和章帝励精图治，最终创造了明章之治。而马氏也成为后世皇后的典范，《续列女传》称赞她"在家则可为众女师范，在国则可为母后表仪"。
