然而日军来势汹汹，很快就占领了台北地区，即将对台南和台中进行攻击。此时刘永福的黑旗军守卫着台南和台中，当地的士绅们纷纷站出来，表示要与国家共存亡，并竭尽所能支持刘永福，刘永福便用他们捐出的资金招兵买马。
很快，黑旗军就和日军展开正面交锋，这是日本入侵台湾以来，败得最惨的一次。他们不敢再轻视黑旗军，继而卷土重来，最终抗日首领吴汤兴、刘永福部下吴彭年接连牺牲，台中地区失陷。
紧接着，日军对台南发起最后攻击，他们用大炮不停轰炸，黑旗军及抗日联军无险可守，终究无力回天。就这样，台湾整体失陷，黑旗军就此终结。刘永福随即退回大陆，准备重建黑旗军。
