当时越南还是清朝的附属国，于是一面向清廷求救，一面向黑旗军寻求帮助。随即刘永福带领黑旗军，与法军先后在河内、海阳等地展开激烈交锋。结果法军太过轻敌，黑旗军大获全胜。
黑旗军获胜后，越南就将刘永福视为福将，更是封他为"三宣副提督"。后来法军再次入侵越南，清朝以宗主国的身份派兵相助，刘永福的黑旗军就成为最好的帮手。就这样，刘永福正式被授予清朝四品顶戴花翎，率领黑旗军与清军一同抗敌。
黑旗军虽然有力打击了法军，但越南不可能永远靠一支黑旗军来保护。中法战争结束后，清朝意识到黑旗军的重要性，于是将黑旗军收编为朝廷正规军，任命刘永福为闽粤南澳镇总兵。
公元1894年，甲午中日战争爆发，黑旗军受命前往台湾抗击日军。一年后，清朝政府被迫与日本签订《马关条约》，此时台湾的官员和士绅决定成立"台湾民主国"。这个民主国并不是要独立，它的国号是"永清"，是想表明台湾永远属于中国的意思。大家都推举刘永福为总统，可是他坚持不受，仍然以帮办的身份，在这里统率防军抗敌。
