事情到了这一步，矛盾也自然就尖锐起来了。任何批评和表扬都有其片面性，东林人士批评的人并非就一无是处，东林人士表扬的人也并非十全十美。这些批评和表扬都会有对立面的产生，具体到某个人或者某件事上，都会在士大夫当中，形成与东林人士观点对立的政治群体。
以山东人为主体的被称为"齐党"，以湖广为主体的被称为"楚党"，以浙江为主体的被称为"浙党"，以南直隶昆山人为主体的叫"昆党"，以宣城人为主体的叫"宣党"。而这些党派又给东林人士冠上一个名称，叫"东林党"。
从万历后期开始，明朝的朋党之争延续不断，一直到南明时期都还存在。朋党之争，没有妥协，也没有是非原则，只有党同伐异。期间最严重的要数以魏忠贤为首的"阉党"和"东林党"之间的斗争，这场斗争彻底摧毁了明朝士大夫的元气。而这场关键的斗争，就始于明朝万历时期，后张居正时代的两个关键人物，顾宪成和李三才。
