当然,朱文正最出名的还是''洪都保卫战'',一场神一般的战役。当时江西离陈友谅很近,也是南京的重要屏障,况且这里有许多降将,派系丛生,不好管理。朱元璋经过深思熟虑,派了最亲信的朱文正去守卫洪都,去的时候还有些大臣不看好,然而朱文正却用事实狠狠打了这些反对大臣的脸。
朱文正做好了充分的准备,他到任后继续收伏当地的山大王,安抚民心,稳定局势,还着重加固城墙,洪都的防务力量得到了加强。朱文正做的这些工作,在后来的保卫战中发挥了重要作用。
1363年6月,陈友谅几乎是倾巢而出、孤注一掷,率领60万大军围攻洪都。此时,朱元璋在安丰打得难解难分,而徐达、常遇春也在围攻庐州城,没有援军能够帮助朱文正,而朱文正又必须守住洪都,否则洪都一旦失守,建康便岌岌可危,朱元璋苦心经营的基业很有可能就毁于一旦,这也是为什么陈友谅会如此大举兴兵进攻洪都的原因。