葛品连死后，脸发青，口鼻流血，他的母亲沈喻氏怀疑是被人下毒害死的，所以将此事禀报给了官府。余杭知县刘锡彤派仵作沈祥和门丁沈彩泉去小白菜家验尸，但两个人都是糊涂蛋，沈祥将银针刺入葛品连的喉咙，银针变黑了，事后稀里糊涂交了一份葛品连砒霜中毒而死的报告。
小白菜成了毒杀丈夫的嫌疑人，她被官府抓去后，屈打成招，被迫承认了她伙同杨乃武毒杀葛品连之事。随后杨乃武也被抓进了监狱，对他和小白菜合谋杀害葛品连一事，杨乃武矢口否认。杨乃武由于是举人，知县刘锡彤不能直接对他用刑，他呈报上级，请求革去杨乃武举人的身份，这样他就可以对杨乃武动刑了。上级衙门中糊涂官也多，随即同意了刘锡彤的申请。
杨乃武不是举人后，官府开始对他大刑伺候，逼迫杨乃武承认了毒杀葛品连之事，由于是编造的，自然漏洞百出，杨乃武连药店老板的名字都说错了，但官府为了避免麻烦，强迫药店老板做伪证，证明杨乃武在他药店买过砒霜。证据完整后，杭州知府陈鲁判处小白菜和杨乃武死刑。
杨乃武是冤枉的，所以他在狱中写下诉状，让姐姐杨菊贞为他赴京叩阍，申诉冤屈。杨菊贞通过不断的奔走申诉，最终让杭州知府陈鲁复审了此案，但是没有任何效果，陈鲁依旧维持原判。
