胡瑞澜也是个不靠谱的人，他到杭州后，依旧对杨乃武、小白菜动刑，将两人再次屈打成招，承认了毒杀葛品连一事。这个时候，案件已经复审多次了，也基本上成了一桩铁案，翻案很难了。
但浙江士林不愿放弃，内阁中书汪树屏等十八名浙籍京官联名呈诉。同时，浙江当地士子也联名上书陈诉，此案审理过程中存在官官相护、上下包庇、屈打成招的问题，要求朝廷将此案提到京城审理。但也有官员反对重审，四川总督丁宝桢说："如果这个铁案要翻，将来没人敢做地方官了。"
此案本来重审无望了，但由于此案中牵涉到杨昌浚湘系官员。以曾国藩为核心的湘系势力，已经遍布全国各地，势力很强大，清廷也想借此案打压湘系势力，所以在朝中重臣翁同龢、张家骧等人的要求下，两宫太后下令让刑部复审此案。刑部接手小白菜案后，通过验尸，发现葛品连是病故，不是砒霜中毒而死，所以杨乃武和小白菜的被冤枉的，他们两人被无罪释放。
出狱后，杨乃武失去了举人身份，余生以养蚕为生，小白菜看破红尘，出家为尼。此案中，官员的层层包庇，屈打成招等，导致数百名官员被革职，湘军出身的浙江巡抚杨昌浚，也被朝廷革职，但由于他身后势力强大，很快又东山再起，还做了闽浙总督、陕甘总督和兵部尚书等要职。
