地方官都不愿接手，杨菊贞只能前往京城去伸冤。杨菊贞得到了红顶商人胡雪岩的仗义资助。胡雪岩肯帮助杨菊贞，是因为此案牵涉到了浙江巡抚杨昌浚，胡雪岩希望通过此案扳倒杨昌浚，从而代替杨昌浚为左宗棠筹措军饷，从中牟利。在胡雪岩的帮助下，步军统领衙门受理了小白菜案。
朝廷让浙江巡抚杨昌浚"亲提严讯"，但杨昌浚没当一回事，他让湖州知府锡光和绍兴知府龚嘉俊等人重审此案，这些官员也责任心不强，在没有核查证据的情况下，他们按照已有证据，依旧维持原判。但再次审理时，杨乃武和小白菜双双推翻了自己的供词，说自己是屈打成招，没有毒杀葛品连，可惜湖州知府锡光、绍兴知府龚嘉俊等人没有采纳，也没有去核实实情。
这个案件引起了《申报》的关注，他们写了大量的文章报道杨乃武小白菜案，也因此被更多的人所熟知。杨乃武举人的身份得到了杨乃武同乡浙籍京官的关注，杨乃武的老乡刑部侍郎夏同善联合30多位浙籍京官，要求朝廷派大员去查办此案。这件事惊动了慈禧，她让浙江学政胡瑞澜复审。
