顺治三年秋，孙之獬在清廷退休以后"衣锦还乡"，正赶上山东爆发了农民起义，农民军活捉孙之獬并五花大绑游街示众，还在他身上插满针孔又插上毛发，以惩罚其鼓动剃发令献媚清廷。最终，孙之獬被农民军斩首，暴尸通衢。消息传出，人们无不拍手称快，皆云罪有应得。明末清初著名思想家顾炎武还曾作诗庆贺："张伯松，巧为奏，大纛高牙拥前后。罢将印，归里中，东国有兵鼓逢逢。鼓逢逢，旗猎猎，淄川城下围三匝。围三匝，开城门，取汝一头谢元元。"
而孙之獬的死讯传到京城后，对于他的抚恤事宜朝堂之上产生了激烈的争论，有人认为应该给他官复原职并进行抚恤，有人则认为不应复职也不应抚恤，最终顺治帝采纳了第二种建议，没有给于孙之獬任何官职和抚恤。
从今天的角度来看，孙之獬所服务的两个政权，无论是大明还是大清，都属于中华民族封建社会发展的一部分，但是如果站在当时的角度，由于明清属于两个对立的阵营，因此孙之獬的所作所为，并不是大丈夫所为，既不符合中华民族传统道德观念，又违背了人类社会组织与个人关系的基本准则，因此他最终无法得到明朝百姓和清朝执政者的认可，也就不难理解了。
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