红丸案还没弄明白，移宫案又开始了。移宫案并不复杂，就是妃子李选侍在乾清宫照顾病重的朱常洛，在朱常洛驾崩后，她为了给自己谋求个太后的位子，就挟持皇长子朱由校，赖在乾清宫不走了。直到朱由校登基的前一天，她还没有要走的意思。后来还是在内阁大臣和宫内太监联合驱赶下，李选侍才万般无奈地搬出了乾清宫。
移宫案虽然简单，但有个深远的影响，就是在此过程后，一个名叫魏忠贤的太监获取了皇帝朱由校的信任，并在后来权倾朝野。魏忠贤与群臣结下梁子，是因为他在移宫案中与李选侍站在了一边。在那之后，魏忠贤更是成为了朱由校打击东林党人的武器。
这宫廷三大案结束后，可以说将明朝宫廷里里外外扒了层皮，朝廷元气大伤，此时的明朝已经摇摇欲坠了，这就结束了吗？当然没有，随着权力的更迭，这三大案后来又经历了两次翻案，最终也彻底耗尽了明朝统治阶级的精力，将明朝推入了万丈深渊。
第一次翻案是因为魏忠贤要打击东林党，三案就变成了他手中的工具。通过给三案翻案，许多东林党和文官集团中正直的大臣，都被魏忠贤给陷害了，他们或是入狱，或是被杀害，这也导致朝廷损失了大量人才。
