但是，梃击案并非如此简单，此案的争议点在于：张差刺杀太子的幕后主使到底是不是郑妃，还有人怀疑此案是太子朱长洛自导自演的一出苦肉计，目的就是为了陷害郑妃。梃击案的事实真相到底如何，至今也没有一个明确的结论。
但是，此案之后引发的一系列事件和争斗，却让明朝陷入了严重的危机，甚至影响到了明朝的生死存亡。
梃击案与万历时期的"国本之争"有着密切联系，万历皇帝宠爱郑妃，并希望将郑妃所生的皇子朱常洵册立为太子，但这违反了"立嗣立长"的祖训，遭到朝廷大臣和东林党的反对，万历皇帝无奈只好册立朱常洛为太子。梃击案中有人怀疑是郑妃找人刺杀太子，就是觉得郑妃应该是心中不平，所以才想出谋杀太子这一招。
梃击案之后就是红丸案，正是因为第一次行刺朱常洛毫发无损，才有了第二次的红丸案。这是发生在万历皇帝驾崩，朱常洛继位后的第一个月，皇帝的宝座还没坐稳，朱常洛就病倒了，后来有人进献了两颗成分不明的红丸，说是"仙方"，朱常洛吃后就猝然离世了。进献红丸的幕后主使是谁？朱常洛的死与红丸有没有关系，也都很难查清楚。但红丸案使明朝的党争更加激烈了，朝中许多大臣都受到牵连，东林党也借红丸案开始铲除异己。
