朱元璋在此案的处理上, 株连众多，江南许多有田产者全部牵扯进去，很多人无辜被杀，朝野上下，舆论哗然。据《明史》记载："一时咸归谤于朝廷。御史余敏等言：桓所妄指，皆法司逼令供招，遂成冤狱。上叹曰：朕诏有司除奸 , 顾复生奸扰吾民耶? 乃榜桓罪示天下，而论右审刑吴庸等极刑，以压天下心。"
到了最后，朱元璋自己也发现这个案子不能再牵延下去了，这种牵连造成了民心的不稳。因为"郭桓案"和"胡惟庸案"、 "蓝玉案"不同，打击的不仅仅是官僚集团，还把许多地主阶级也牵扯进来了。当时民间就流传朱元璋此举并不是惩治贪官，而是自己在敛财。如果不采取措施安抚人心，平息事态，会动摇到明朝的统治基础。于是朱元璋把审理该案的主审官吴庸揪出来当了替罪羊，杀吴庸以谢天下，这才将该案结案。
朱元璋通过查办"郭桓案"，基本达到 了预期目的。他首先澄清了吏治，健康了国家的政治生态。"郭桓案"对贪官污吏形成了极大的震慑效果，"一时守令畏法，……民人安乐，吏治澄清百余年。"通过这个案子，朱元璋整顿了国家经济秩序，增强了中央的经济权威。摧毁了由勋功贵族、官僚、豪强组成的腐败网络，为社会经济发展奠定了良好基础，为"永乐盛世"的出现奠定了基础。
朱元璋的政治目的
