道光二十八年（1847年），只有41岁的叶名琛出任广东巡抚，成为封疆大吏。此时距离第一次鸦片战争已过了七年，英国胜利后，在广东的气焰日益嚣张。英国占了香港岛不说，还强硬地要求两广总督徐广缙：打开广州城门，让我们大英帝国的人进城进行"公平的贸易"。徐广缙是主战派不假，但广州城首先归广东巡抚管。如果广东巡抚的意见和总督相左，总督的命令就要打折扣。好在对英国的态度，叶名琛和徐广缙相似，都极其反感英国的得寸进尺。
叶名琛向徐广缙表示，愿意全力配合总督在广东组建团练，和英军决一死战。有了叶名琛的支持，徐广缙就可以放开手脚对付英国人。
咸丰帝接手父亲道光帝留下的烂摊子后，对英国的入侵无能为力。当他看到叶名琛对外强硬时，咸丰帝找到了一种心理上的慰藉，对叶名琛自然青眼相加。尤其是太平军在金田起义后，叶名琛剿灭了凌十八为首的上万名拜上帝会的起义军，更让咸丰帝认为叶名琛是可用之才。
咸丰二年（1852年），46岁的叶名琛出任代理两广总督。叶名琛还有一个职务，就是五口通商事务钦差大臣，说叶名琛是南方官场第一人，并不为过。广州城的外国人知道叶名琛的分量，以及他在咸丰帝心中的地位，认为叶名琛是清朝仅次于皇帝的第二号人物。
