就在这时候，周天爵遇到了官场上的第一次打击。
周天爵对下属比较苛刻，使得不少下属在背地里埋怨他。周天爵自己却根本不在意。1840年，大冶知县孔广义被革除职务后，对周天爵进行检举揭发。御史又雪上加霜，弹劾周天爵滥用酷刑。道光皇帝知道后，派人前往调查。经过调查，发现这些控告基本属实。道光皇帝随即将周天爵革除职务，发配到伊犁去。
顺便说一下，林则徐在"虎门销烟"后，也是被道光皇帝发配到了伊犁。
当时，第一次鸦片战争硝烟弥漫，朝廷正是用人之际。1841年，道光皇帝将主持广东军务的钦差大臣琦善革职，任命奕山为靖逆将军，奔赴广东前线。同时，道光皇帝将周天爵重新起用，命他奔赴广东，接受奕山的差遣。
候补知府、漕运总督、南河总督……周天爵官职升迁频繁，只用了一年多的时间就差不多官复原职。可是，周天爵的毛病没有改，依然滥用酷刑，失察下属，在1843年遭到弹劾。
