明长城示意图
除了总制三边、巩固边防，杨一清干的另一件大事，就是铲除了大太监刘瑾。杨一清为官清正，不屑与阉党集团为伍，遭到了刘瑾的构陷，差点冤死狱中。他被营救出狱后，很想扳倒刘瑾，为国锄奸！在平定安化王朱寘鐇叛乱时，他跟监军张永在一起。张永也是皇帝非常信任的太监，而且跟刘瑾有很深的矛盾，杨一清就鼓动张永去皇帝面前告发刘瑾的罪状。张永上来有些犹豫，认为皇帝不会信自己说的。
刘瑾
杨一清就动情地劝说道，别人说，皇上不会信，但您是皇上最信任的人，您只要在皇上面前痛哭陈诉，皇上一定会信。此事必须快办，不能拖延。说完他把搜集的刘瑾罪状交给了张永。张永拿着证据找正德皇帝哭诉，刘瑾最终被铲除。抄他家时，抄出的金银财物折算成白银有3亿两之巨，放到今天大概值1200亿元，刘瑾堪称当时的世界首富！
杨一清依靠张永扳倒了刘瑾，对张永有一份感激之情，两人交往逐渐多起来，后来张永病故，杨一清还为他写了墓志铭。嘉靖帝继位后，杨一清升任首辅，在大礼议之争中坚定支持皇帝的张璁、桂萼也进入内阁，时间一长，正直的杨一清成为张璁、桂萼等人的眼中刺。他们指使党羽污蔑杨一清勾结奸佞，祸害忠良，还拿出"坏人"张永（张永确实干过很多坏事）作为例子。杨一清多次上书解释，但始终没有打消嘉靖帝的疑虑。无奈之下，杨一清只能辞官回乡。但张璁等人不依不饶，弹劾他接受张永弟弟张容的钱财，为奸佞撰写墓志铭，故意诋毁杨一清的名声。杨一清一气之下背疽发作而亡，享年77岁。
