明代陕西所辖的延绥、宁夏、甘肃三镇合称陕西三边(宁夏、甘肃在明代均属陕西)。早期各镇都是独立承担辖区内的御边任务，遇到战事，相互之间没有协防职责，形不成整体防御体系，经常打败仗。杨一清担任陕西巡抚时，深刻洞察这一弊端，向朝廷建议将三边统一管理、互相支援。朝廷采纳这一建议，并任命他为三边总制（以后改名三边总督），统一管理三边军务。他根据三边地势险恶的特点，整修防务，增设卫所，调整布防。同时利用流民开发西北边陲，裁撤机构和官吏队伍，使"三边"防务为之一新。
杨一清先后三次担任"三边总制"，构筑起了西北一带严密的防御工事，有效防御了瓦剌、鞑靼对陕西、陇右、河西走廊直至嘉峪关的入侵，巩固了明代长城防线的左翼。他不光会防御，也善于用兵，在对敌作战中屡出奇谋。他率部驰援固原，虚虚实实，出奇制胜。安化王朱寘鐇谋反，杨一清负责平叛，他恩威并施，迅速平定叛乱。正因为他出色的战绩，正德皇帝称他为"明朝郭子仪"，世人称赞他"出将入相"，就是说他出战可为将，入朝可为相，是个文武全才。
