宋神宗见王安石和司马光争论半天也没能给出结果，又将该案交于翰林院其他学士审议，这一次学士们都支持王安石的意见。本以为可以结案，审刑院的官员知道后，联名上书宋神宗，要求继续和王安石辩论。最后，枢密院、中书省的官员也参与进来，把朝堂搅得天翻地覆。
宋神宗见官员们为一个再简单不过的案子争论不休，怒火中烧，直接下诏，判阿云为有期徒刑。司马光也因未能阻止王安石变法，心灰意冷，退居洛阳，绝口不谈国事，编撰了《资治通鉴》。
阿云在狱中呆了一段时间之后，赶上宋神宗大赦大下，被无罪释放。回家后阿云终于过上了平静的日子，嫁人生子，很幸福。案件也似乎真的了结了。
公元1085年，宋神宗去世，年仅十岁的赵煦即位，为宋哲宗。由于哲宗年幼，祖母皇太后垂帘听政。皇太后一向反对王安石的新法，重新启用司马光为宰相。司马光为了打击变法派，重新审理了阿云案。
司马光以阿云谋杀亲夫的罪名，将阿云斩首示众。时隔十七年后，马司光终于出了当年斗法失败的恶气。看着浮华的汴京，他的脸上露出了胜利地微笑。
