就在此时，袁绍提出让曹操将家小迁至自己的大本营邺城，美其名曰保证曹操家人的安全，实则想以此控制曹操。又是程昱提出坚决反对，终于让曹操清醒下来，拒绝了袁绍的要求。此事过了几十年后，曹操仍记忆犹新，曾对程昱表示："当年幸好采纳了你的意见，否则我不会有今天！"
曹操统一中原期间，程昱不仅多次出谋划策，还曾以弱小兵力镇守在前线，为曹操取得官渡之战的胜利立下大功。战后，程昱也被晋升为奋武将军，封安国亭侯，成为曹操智囊团的主要谋士之一。
不过，随着曹魏政权的稳固，内部权力之争也越发激烈。尽管程昱在战场上神机妙算，但在负责的政治斗争中被很快败下阵来。先是被诬陷参与谋反，后来又被曹操免职，可谓颜面扫地，狼狈不堪。直到魏文帝曹丕继位，才总算为程昱平反，并恢复了他的卫尉之职。可惜没过多久，程昱便因病去世，享年八十岁。
