明朝末年，李自成率领起义军攻打北京城的时候，锦衣卫奉命防守，可惜京城守城的官兵中有很多都暗中通敌，从里面打开了大门，只用了两天时间，起义军就攻破了京城。崇祯皇帝为了皇室最后的尊严，在煤山上吊自尽了。
在战斗中，锦衣卫的头头驼养性也被李自成活捉了，为了能够活命，他只能选择投降李自成。后来吴三桂放清军入关，李自成还没得意几天，就被清军击败了。驼养性就又被清军给抓住了，这个时候他又投降了清军。
对于这个前朝的大官，清朝对他还算是比较不错的，派他去天津做了总督。不过驼养性后来自己作死，暗自和南明的使者接触，这件事很快就被清朝知道了，将他的官职全部裁撤了，不过走运的是，并没有杀掉他。后来清朝为了让他做投降者的榜样，还赏赐给了他很多的金银，为的就是吸引跟多的人投降。而不久之后，他就病死了，锦衣卫也名存实亡，他的权利也被清朝皇帝给夺走了。
清朝后来也曾仿效过明朝的锦衣卫制度，不过仅仅存在了一年的时间这个机构就消失了，后来锦衣卫被顺治皇帝改成了銮仪卫，说白了就是皇帝的仪仗队。想不到这个曾经让人闻风丧胆的机构，竟然有这样的结局，令人感慨万分。
