不过，事情并没有像李提摩太预想的那样顺利。当他带领中外教习一路风尘从上海抵达太原之后，惊讶地发现一所名为"山西大学堂"的官立大学已经筹建完备，再过几天就可以正式开学了。这所大学与李提摩太拟办的"中西大学堂"仅一字之差，是岑春煊在晋阳书院和令德书院的基础上改造而成的。山西大学堂的筹建工作快速而低调。身在上海的李提摩太完全不知情。
李提摩太意识到情况不妙。在-座城市开设两所大学，不仅耗费资源，而且极可能因恶性竞争而损害中外和睦--这一点与创建中西大学堂的初衷完全相悖。于是，李提摩太主动与岑春煊协商，建议将山西大学堂与他拟办的中西大学堂合并。岑春煊在确定教育自主权不会旁落，也没有传教嫌疑之后，同意合并，合并后沿用山西大学堂的校名，分设中学专斋和西学专斋。李提摩太拟办的中西大学堂变成了西学专斋，缩水为山西大学堂的一部分。
