1901年5月底，他将一篇题为"上李傅相办理山西教案章程"的文章呈送到李鸿章面前。这份解决方案没有坚持"以牙还牙、以血还血"，而是主张从宽追究，只惩办匪首，不牵连无辜百姓。李提摩太认为，虽然很多百姓参与了迫害传教士与教民，但他们是受到官员指使和拳匪迷惑的。百姓轻易被别人利用，是因为他们愚昧无知，所以，为了杜绝此类悲剧重演，应该兴办教育，开化民智。因此，他在这份章程的第三条陈述了筹建-所西式大学的建议。
这份山西教案的解决方案总计七条，措辞谦逊，字里行间处处体现了李提摩太的善意和爱心，李鸿章读后，极表赞同，据说，他只改动了-个字。李鸿章将开办大学之事全权委托给李提摩太。当年十月，接替毓贤担任山西巡抚的岑春煊派周之镶赴上海，与李提摩太商议开办大学的具体事宣。经过一个月的协商，周之镶代表山西省，与李提摩太达成一致：山西省筹银五十万两，分十年交付李提摩太，由李提摩太主持开办"中西大学堂"，在十年任期内，学堂课程设置、聘请教习、选拔学生等事务均由李提摩太全权负责，十年期满后，学堂资产与主权一概移交中方。周之镶与李提摩太郑重地签署了合同。
