没能杀死李鹤章，蔡元隆自知淮军肯定会拼命攻城。为此，蔡元隆便乘着夜色组织大军撤出太仓，往海盐、乍浦等地转移，继续与淮军作战。不过，太平天国苏南、浙北基地危机重重，海盐、乍浦也不好过。
此时，左宗棠为了快速拿下城池，便派蒋益封去联络蔡元隆，试探口风。蔡元隆有过"诈降"经历，但左宗棠很自信，蔡元隆不敢耍花招。蒋益澧来后，蔡元隆也表示愿意投降，于是献出海盐、乍浦，归顺了左宗棠。
加入左宗棠阵营，作为友军的李鸿章非常不满，处处刁难他，甚至想找借口弹劾他，欲除之而后快。不过，左宗棠力保，李鸿章也无可奈何。
太平天国灭亡后，蔡元隆所部被遣散，他也回到老家，成为当地富豪。道理很简单，蔡元隆曾守卫太仓，自然不缺钱。接着，他娶了3妻1妾，生了4女2男，过着幸福之日子。
当然，跟古隆贤相比，蔡元隆还是差了一点。古隆贤投降后，回家生了6男1女，比蔡元隆多一个。但是，古隆贤只有一个老婆，蔡元隆则多了3位。
参考书目：《天国志》、《太平天国通史》
