目睹海军改良伙食成功抑制脚气病后，不少陆军军医态度有松动，但森鸥外坚持己见，毫不妥协。
甲午战争后，日本开始并吞台湾，他从陆军军医监调任台湾总督府陆军局军医部长，依旧严禁陆军部队擅自改为米麦混食。结果近25000名士兵中，竟有90%患脚气，2100人病死。
日俄战争：陆军因脚气病严重减员
1903年，日本陆军军医学校的教官发现了木馏油可以抑制伤寒菌，与是调制成药剂，命名为「木馏油丸」。
推崇「和食」传统和「德国医学」的森鸥外并没有从甲午战争、台湾经验中醒悟过来。他在日俄战争前夕认定，木馏油既然能够杀死伤寒菌，当然也可以消灭「脚气病」。於是，他命令陆军部门大量生产木馏油，提供陆军士兵携至战场服用，预期能够发挥神奇药效，免受「脚气病」荼毒。
