孙承宗却认为在新城驻扎四万人，如果不能抵挡住后金，无法妥善处置，如果放新城士兵回旧城，后金军队也就跟着进来了，这是无法承担的后果，王在晋的策略遭到孙承宗的激烈抨击，孙承宗认为王在晋是闭关自守，不足以守住辽东，后来孙承宗罢免了王在晋的辽东经略之职务。
相比之下，孙承宗认为守山海关还应该守关外，当时袁崇焕向孙承宗请示要在宁远驻扎五千兵力，以图取在辽东能够有一个据点，进一步还可以夺取锦州。
孙承宗督师辽东四年，先后修复九座大城，四十五座堡垒，宁锦防线得以筑成，明军也与后金形成对峙的局面，一直到孙承宗被罢官归乡，后金才敢跃跃欲试，向辽西进军。
事实证明孙承宗的策略还是比较靠谱的，在天启六年（1626年），努尔哈赤发动大军来袭，辽东经略高第认为应该将兵力收缩到关内，袁崇焕极力反对，据理力争，强烈表示"兵不可撤，城不可弃，民不可移，田不可荒。"
