神医华佗不但擅长外科，还有很多关于他治疗各种传染性寄生虫病的记载。华佗发现用青嫩茵陈蒿草治疗流行性"黄胆病"的疗法，后来民间流传"三月青蒿能治病，五月六月当柴烧"。现代研究从新鲜青蒿中分离出青蒿素，成为一个治疗疟疾的新药。
明代的李时珍、清代的叶天士、晚清的吴瑭（吴鞠通）等医学家都为治疗瘟疫做出过重大贡献。吴瑭推荐的治疗瘟疫后期症状的安宫牛黄丸、至宝丹、紫雪丹现在仍然在临床使用，称为治疗瘟疫的三宝。
古人也意识到，隔离传染性病人是有效的预防措施。唐朝时，还有佛教寺院设立的"病坊"用于隔离麻风病人，内有僧人为患者治病。武则天时期，将这些"病坊"改称为"悲田养病坊"，由政府出面管理。
