在经济上，张居正实行土地清丈和"一条鞭法"，就是把之前因土地兼并而被隐瞒起来的土地全部清理出来，从万历六年开始到万历九年结束，三年的时间一共清丈出全国可耕作土地面积七百余万顷，这虽然比起朱元璋时期的八百万顷数量有所降低，可总的来说也增加了朝廷可收的土地税，也在一定程度上缓解了贫富阶级的矛盾，百姓有田种，能吃饱，自然也就不会想要造反了。
而一条鞭法，则是解除之前过多的赋税名目，统一以白银征收农业税，减少各级官员贪污的可能，而在商业税上，张居正逐渐减少商税征收，将由朝廷市舶司控制的关税权力下放到商人手里，以商人每次出海后的利益来收税，朝廷不再强行征收，减轻东南商人的负担，保证了大部分商人的利益。据统计，在土地清丈、一条鞭法和商税改革完成之后，大明的赋税最高峰时达到了八百万两白银。
在政治、经济都得到了一定的成果后，张居正就开始进行了军事的改革，面对北方地区的复杂形势，张居正安排李成梁坐镇辽东防备女真、安排谭纶、戚继光驻守九边重镇对抗蒙古，恩威并施，以武力威胁蒙古的同时和俺答汗议和，双方恢复了停滞多年的贸易互边，还册封了俺答汗为"大明顺义王"，在军事和经济上拉拢了为祸多年的蒙古鞑靼部。
张居正执政十年，是大明后期最稳定，也是最富裕的十年，对商人的保护，使得南方倭患无法再起，因为本来这些倭寇的主要组成部分就是东南沿海的商人，朝廷减轻了他们的赋税，又把收税权力下放给他们，维护了他们的收益，自然也就不会闹事了，而北方蒙古、女真，在得到甜头之后减少了抢夺侵扰的行为，大明北部边疆数千里的关防地带烽火停息，塞外塞内恢复安定，土地也得到了开垦，经济稳步上升。
