很简单，因为作为少数民族政权统治的清朝，想要统治中原地区，就必须要考虑到满汉问题。清朝的统治者出于政策的需要，也不得不笼络广大的汉族士大夫加强统治，所以便对明朝的皇陵实施了各种保护措施。
例如在顺治元年五月时，中原局势尚未稳定，时任满清摄政王多尔衮便派遣大学士冯铨去祭奠明太祖和明朝诸位皇帝。顺治二年时，多铎率领大军平定江南，五月中旬进驻南京城，二十七日便前往拜谒明孝陵，并命灵谷寺的僧人们好生照料。同年七月，多铎又派遣内官两人，护陵人员四十余人前往守护明孝陵。
到了康熙年间，康熙帝更是先后五次拜谒明孝陵，并上行三跪九叩之礼，由此可见清朝统治者对明孝陵的重视程度。当然了，我们不可否认的是，清朝统治者之所以会这样做，主要还是因为考虑到满汉关系的问题。但也正因为如此，明孝陵才被完完整整地保护下来了。值得一提的是，在清朝咸丰年间，明孝陵的地表遭到了太平天国战火的侵害，损失严重，不过好在后来曾国藩花费巨资将其修缮。
