1856年9月，北王韦昌辉接到密诏后，带着3000精锐星夜兼程赶回天京，在陈承瑢的配合下，顺利进城，而后冲进东王府，解决了杨秀清。根据《金陵续记》记载，杨秀清死后，韦昌辉开始斩草除根，东王54个王娘以及服侍杨秀清而怀孕的侍女均被杀害，其余妇女则放走。可以说，韦昌辉此时还是比较理性，杀人也是有选择性，并未殃及无辜。那么，为何后来事态却扩大化了呢？以致两万余精干力量死于非命，让天国元气大伤。
对于这问题，长期以来，大伙都说是因为韦昌辉公报私仇，地主阶级出身的他因为时常受到杨秀清欺负，此时终于发出一声怒吼。这观点，有一定道理，但并不能说明根本问题。要知道，韦昌辉可是带着全族、全部家产闹革命，韦十一、韦以德等兄弟均阵亡于疆场，弟弟韦俊还被围困在武昌，形势异常不妙。换句话说，如果此时内斗持续恶化，对他有何好处？所以，韦昌辉后来滥杀无辜，应该有更深层次原因。那么，这原因是什么呢？其实，这问题很简单，即是"无奈"。
按照李秀成《自述书》之说法，韦昌辉、秦日纲等是"奉诏勤王"，也就是说诛杀杨秀清是得到天王认可的，或者说是天王有意诛杀杨秀清，但手中没有直属部队，只好让石、韦、秦等回京"勤王"。不过，有意思的是，当韦昌辉率北殿将士冲进东王府，将杨秀清斩首时，洪秀全却并未出来表态，也没有公布圣旨，说他们是回来"勤王"，东王犯上作乱，死有余辜。没有圣旨，问题就麻烦了，韦昌辉处境很尬尬，俨然就是刽子手，挑起内部冲突的"反贼"。
杨秀清不是一个人，而是代表一股势力，即是东殿集团，太平天国最大、最强实力派，其成员把持各个要职。户部尚书吉成子、吏部尚书傅学贤等人，仗着杨秀清之势力，平时就不怎么把韦昌辉、石达开放在眼里。此时，天王又没密诏，他们必定会认为是韦昌辉诛杀杨秀清，北王就是主谋，是祸首。从维护自身利益出发，他们必定会与韦昌辉大干一场。如此一来，事态扩大化就不可避免了。事实也的确如此，杨秀清死后，傅学贤打着为东王"复仇"之旗帜，率东殿士兵与韦昌辉在天京大战。
