然而，左宗棠的军队还是有一些地方没有收复，比如伊犁。沙俄当时占据了伊犁，而他们这么做也是为了牵制阿古柏，防止他在新疆做大，在阿古柏失败之后，伊犁依旧被沙俄控制，他们才不会轻易放弃伊犁，这里也成为沙俄与清朝争夺的焦点。
清朝最初交涉失败后，左宗棠更是拼死抗争，表示谈不回来就要武力攻打伊犁，不惜一切代价都要拿回伊犁。清朝必须要继续进行谈判，曾纪泽等人不断抗争，终于拿回了伊犁。
当然，这次的交涉并不是真的拿回整个伊犁，双方谈判的结果，是清朝拿回了伊犁九城及特克斯河谷地区。此外，霍尔果斯以西多达7万平方公里的领土都被割让，而沙俄在占领伊犁期间，大肆掠夺人口，之后这件事也就这么算了，清朝拿回的伊犁几城，基本都是空城。
不管怎样，在晚清那样的环境下，能从沙俄手中拿回一半的伊犁就已经非常不错了，要不是左宗棠的抗争，可能清朝真就要放弃全部伊犁了，左宗棠的这个举动对中国的影响非常大。
