刘焉提出这个建议，除了上面提到的冠冕堂皇的理由外，也有私心。为了躲避祸乱，他原本想躲到交趾去当太守，后来听说益州有天子之气，便想去益州拥兵自立。而要拥兵自立，太守的职权显然不够，所以刘焉就提出了设州牧的建议。
缺乏政治远见的汉灵帝采纳了刘焉的建议，派刘焉任益州牧，太仆黄琬任豫州牧，宗正刘虞任幽州牧。
为了树立个人威信，刘焉到益州，一方面采取宽容恩惠的政策，极力安抚收容因马相之乱而逃跑反叛的人；另一方面则以严刑酷法，一口气诛杀了益州境内十几个豪强家族。
此外，刘焉还以"五斗米天师"张鲁为督义司马，与别部司马张脩率兵对汉中发动突然击袭，杀了汉中太守苏固。在刘焉的授意下，张鲁随后又杀了张脩，切断斜谷，杀死来往的使者，切断与东汉朝廷的联系，割据一方。
